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Plataforma Epigenómica-Obesidad
La Plataforma de Epigenómica-Obesidad es un equipamiento compartido entre la Fundación Ramón Domínguez y el CIBEROBN.
• Durante el primer trimestre de 2016 se llevó a cabo la gestión necesaria para licitación de la contratación por concurso público de un escáner de arrays que fue publicada en el BOE el 13 de febrero 2016.
• El 8 de febrero de 2016 se ha enviado la documentación para realizar la solicitud con vinculación al CIBER de personal técnico a la convocatoria de Personal Técnico de Apoyo del MINECO (BOE 7 de diciembre de 2015). Dicha solicitud no ha sido concedida para ser financiada (resolución 01/05/2016).
• En abril de 2016 se convocó una plaza de investigador predoctoral con vinculación al CIBER y se incorporó una investigadora predoctoral el 1 de junio de 2016 que llevará a cabo las técnicas de epigenética y realizará su tesis doctoral en esta área.
• En septiembre de 2016 se firmó un convenio específico de colaboración entre el CIBER y la Fundación Ramón Domínguez para la promoción e impulso de la investigación en el área temática Fisiopatología de la obesidad y nutrición. El convenio se concreta en la colaboración conjunta a través de la creación de la Plataforma de Epigenómica de Obesidad mediante la aportación conjunta de medios por parte de la Fundación y el CIBER. Bajo este convenio, la Fundación aportará las instalaciones y medios materiales de apoyo y el CIBER aportará el Array HiScan de ILLUMINA más los componentes necesarios para el procesamiento manual de los ensayos Infinium descritos en el Infinium Option Starter Package 220V, así como el personal técnico necesario para la gestión y desarrollo de la plataforma.
• En septiembre de 2016 se instaló el equipo HiScan para los arrays de metilación.
• En diciembre de 2016 los investigadores y personal técnico de la plataforma de Epigenómica de la Obesidad recibieron la formación por parte de ILLUMINA para llevar a cabo los protocolos necesarios para el análisis de las muestras en el quipo HiScan.
• Desde la implantación de la plataforma se ha realizado la siguiente actividad científica:
1. Se han generado datos de un trabajo de investigación en colaboración entre los grupos de Casanueva y Fernández-Real del CIBEROBN sobre el patrón de metilación en tejido adiposo visceral asociado a la resistencia a la insulina en pacientes con obesidad mórbida. Fruto de este trabajo
ha salido la publicación: CRUJEIRAS AB, DIAZ-LAGARES A, MORENO-NAVARRETE JM, SANDOVAL J, HERVAS D, GOMEZ A, RICART W, CASANUEVA FF, ESTELLER M, FERNÁNDEZ-REAL JM. Genome-wide DNA methylation pattern in visceral adipose tissue differentiates insulin-resistant from insulin-sensitive obese subjects. Transl Res. 2016 Dec;178:13-24.e5.
2. Se llevó a cabo el estudio de la “Evaluación de los cambios epigenéticos en cáncer de mama asociado a la obesidad”. Se ha analizado el metiloma de dichas muestras con el equipo HiScan, se realizó el análisis bioinformático y estadístico y recopilaron los resultados para una publicación que está actualmente en revisión en la revista Endocrine-related Cancer. En dicho proyecto colaboran el grupo Casanueva y Tinahones del CIBEROBN.
3. Se han realizado diversas reuniones de coordinación entre el grupo de Casanueva y Tinahones del CIBEROBN para llevar a cabo el estudio de “Evaluación del epigenoma de cáncer de colon asociado a la obesidad” en el marco del Programa Complicaciones de la obesidad del CIBEROBN. Actualmente, se han generado los datos del metiloma de las muestras de este estudio con el equipo HiScan pendientes del análisis bioinformático y estadístico.
4. Se han realizado análisis epigenéticos colaborando en un estudio de cáncer que ha dado lugar a
la siguiente publicación: DÍAZ-LAGARES A, CRUJEIRAS AB, ET AL. Epigenetic inactivation of the p53- induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.
OBN
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